1662年，鄭成功攻佔台灣之後，就將赤崁樓改為「東都明京」，行政制度設有一府二縣；設承天府於赤崁城，下設天興縣〈台南以北〉、萬年縣〈台南以南〉。
鄭成功把荷蘭時代的「王田」沒收，改為「官田」，由原有漢人佃農承租。此外，放任他的親族、官員、部眾任意圈地，永為世業，再向鄭氏納稅。他的士兵們分派各地從事屯田開墾，今台南、高雄，有許多帶有「營」「鎮」「協」「衝」等字地名，都是當年鄭氏部隊的名稱沿用而成。
鄭成功來台灣不到一年就死亡，享年三十九歲。他在正值壯年而突然死亡，讓人留下種種臆測；有人向他密告駐守在廈門的鄭經與乳母亂倫私通生子。他的反清導致，父鄭芝龍及叔、弟 11 人被滿清處死。他懷疑鄭經與鄭泰在廈門聯手想奪他政權權。流亡在緬甸的南明永曆王被吳三桂所弒等等事件。讓一向自尊心很好強的他，面對著「臣抗命，子不孝」終是悲憤難消而病亡。
鄭成功死後，駐守在廈門的鄭經，與在台灣東都〈台南〉鄭襲〈鄭成功的弟弟〉，展開一場權力鬥爭，演變到兵戎相見。最後，還是鄭經取得勝利繼承王位，他仍然駐守在廈門，由於清朝政府實行「遷界」命令以來，沿海50里之地區都淪為荒地，廈門也失去經濟物資來源。還有，鄭經與堂叔鄭泰發生衝突，引發內鬨，鄭泰遭幽禁而自殺，引發鄭鳴駿〈鄭泰的弟弟〉心生不滿而率部眾去降清。1663年10月，清軍聯合荷蘭部隊圍攻金門、廈門。鄭軍的陣營在一連串挫折，於1664年3月，鄭經決定放棄金廈二島，全面退守到台澎。
鄭經退守台灣後，雖然依舊使用南明永曆年號，但實質上與鄭成功時代顯然不同，是以獨立王國的姿態出現。從以下他的作為和措施，可已明白看出鄭經，已在台灣起造一個獨立自主的東寧王國。鄭經入台當年，立即將「東都」改為「東寧」，並將原來的大興縣、萬年縣升為「州」。他說他不是不能戰，而是「不欲重苦沿海吾民，故效張仲堅遠絕扶餘，不與中土爭衡。」1666年，鄭經與所倚重佐臣陳永華一次談話中也說到；「清朝亦知，我們株守而無西意。」從談話中可知，鄭經此時只有「株守」台灣想法，不再有西征的意圖。
1669年鄭經在給滿清官員率泰的書信中說到；「思明之役〈鄭成功改廈門為思明〉，....全師而退，遠絕大海，建國東寧，別立乾坤，自以為休兵息民，可相安於無事。」這其中「東寧建國，別立乾坤」的話，都敢說出口了，鄭經也對西洋人自稱「東寧國主。」到了1674年更正官制後，他的部屬不在是自稱為「卑職」而是都改稱「臣」了。鄭經甚至不在如父親那一般對明朝宗室、遺老那樣的去禮遇，也停止供應他們的生活費，使得前朝南明的寧靖王是淪落要到竹滬〈岡山一帶〉開墾。
《鄭經時代所興建，台南孔廟》
從1664年鄭經來台，到1674年的10年間，可說是他經營台灣的最主要時期。但在這段期間，鄭經都把政務交給陳永華，陳永華在鄭成功時代就受其賞識，經常參與內外軍政事務，他隨著鄭成功來台後，也深受鄭經的相當倚重才能。在陳永華的用心經營下，當時台灣朝二個方向發展，一為中國化；一為國際化。他引入中國內地的坊里制，建立行政系統。1666年完成孔廟興建，並於其旁設立學校，稱為；明倫堂。他更進一步引進中國的科舉制度，這套儒家化措施，正是最典型的中國化政策。
至於，國際化是繼續發揮台灣海島貿易性格，努力去加強對國際貿易。在這時期，東寧王國與日本、菲律賓、暹邏、東南亞各地，甚至英國，展開廣泛多邊的國際互動貿易。其中，英國船於1670年首度來台灣，1772年雙方訂立正式的通商條約，也在安平籌設台灣商館，使得安平成為荷蘭時代以來遠東地區貨物的集散地角色。當時，這個國際化台灣，如果好好的發展海洋文化商業，不要去理會在大陸古國的滿清政權，當時的台灣必可發展出另一片天空來。
可惜，本沒「西意」的鄭經，他卻是藉著滿清政府的「削籓政策」，所引發1673年「三籓之役」內戰，蠢蠢欲動的去參了一腳，他的出兵西進決定，反而被「套牢」了。東寧王國是如何的被套牢了？在下一篇的話題〈鄭經反攻大陸〉再敘述。
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