1673年，「清初三籓」駐雲南的吳三桂、駐福建的耿精忠、駐廣東的尚可喜，因不滿清朝的削籓政策，聯合舉兵反清，爆發所謂的「三籓之役」。
由於，他們有過賣主求榮的無恥行為，雖然高舉「驅逐異族，復興中原」的旗號，但做過漢奸的人，怎能嬴得民心和百姓響應。1674年，在福建的耿精忠，因擔心自己實力不夠，才邀約在台灣的鄭經出兵相助，並且答應要將漳州、泉州二府讓給他分治。鄭經果然心動，就以陳永華留守東寧，他則親自率部眾參戰，在他抵達福建會師時，耿精中發現鄭軍實相當薄弱，即反悔雙方議約的條件，不將漳、泉二府讓給鄭經。
1662年，鄭成功攻佔台灣之後，就將赤崁樓改為「東都明京」，行政制度設有一府二縣；設承天府於赤崁城，下設天興縣〈台南以北〉、萬年縣〈台南以南〉。
鄭成功把荷蘭時代的「王田」沒收，改為「官田」，由原有漢人佃農承租。此外，放任他的親族、官員、部眾任意圈地，永為世業，再向鄭氏納稅。他的士兵們分派各地從事屯田開墾，今台南、高雄，有許多帶有「營」「鎮」「協」「衝」等字地名，都是當年鄭氏部隊的名稱沿用而成。
鄭成功1624年出生於日本平戶，這一年荷蘭人進佔台灣，彷彿注定他的出生是來驅逐荷蘭人似的。小時候乳名「福松」，本名「森」的鄭成功，在七歲前一直和日本人的母親「田川氏」住日本。在八歲時被父親“鄭芝龍”接往中國福建居住，父親有意栽培他走科舉功名之路，15歲考取家鄉泉州府的學生員，後進入南京太學，準備在仕途更上一層樓。
西元1650年之後，荷蘭人在台灣統治是逐漸走入逆境，在之前十幾年鼓勵漢人來台並給格外優遇政策，經過了短暫的蜜月期。
荷蘭統治下台灣殖民地，以商業利益為優先考量，稅捐繁多，有田租、漁獵稅、人頭稅等等。在1650年原本七歲以上繳交人頭稅又加徵收一倍，引起民間相當不滿。而選擇移民來台追求新天地的漢人，終究難逃被剥削與壓榨的命運，終使漢人爆發了一場，由“郭懐一”帶頭下的大規模抗荷事件。
荷蘭人佔據台灣之前，雖有漢人來在台灣，但大多屬零零星星進入，人數並不多。且又有一些為逃避官府追捕的海盜，以台灣為中途的「歇腳地」來進出台灣。
西元1614年靠走私華商〈海盜〉李旦，又有海盜集團“顏思齊”，等人率其同夥人進入今日“北港”設十寨，開始定居下來。“顏思齊”的部下弟兄“鄭芝龍”也隨付而來，並招募閩南人來台於、嘉義、北港一帶開墾，人數約三千餘人。而在此時，荷蘭人也正要進佔台南。
